高通量測(cè)序服務(wù)- 甲基化測(cè)序（ WGBS）

世和基因--高通量測(cè)序服務(wù)專家

    2016年，世和基因引進(jìn)HiSeq X “超級(jí)” 測(cè)序平臺(tái)，致力于成為全球領(lǐng)先的基因組學(xué)研究解決方案提供者，專注于動(dòng)植物生命科學(xué)，臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)，人類健康，及藥物研發(fā)等領(lǐng)域的開發(fā)應(yīng)用�，F(xiàn)在公司高通量測(cè)序平臺(tái)包括 10 臺(tái) HiSeq X、HiSeq 4000、MiSeq、NextSeq 500等平臺(tái)，可滿足臨床診療業(yè)務(wù)及科研業(yè)務(wù)不同需求，是基因組學(xué)的首選合作伙伴。HiSeq X Ten是Illumina公司推出的最高通量，最高效率，最低成本的測(cè)序系統(tǒng)，首次實(shí)現(xiàn)了將人類基因組重測(cè)序成本降低到了1000美金以下。HiSeq X Ten由10臺(tái)超高通量測(cè)序儀HiSeq X組成，系統(tǒng)單臺(tái)儀器每次運(yùn)行可產(chǎn)出高達(dá)1.8Tb的數(shù)據(jù)，測(cè)序讀長(zhǎng)為2×150b，運(yùn)行時(shí)間為三天以內(nèi)。10臺(tái)儀器同時(shí)運(yùn)行時(shí)，每年可完成可超過18000個(gè)人類基因組重測(cè)序（30×覆蓋度）。因此，HiSeq X Ten系統(tǒng)將使研究人員更易于開展大規(guī)模人類基因組測(cè)序，并將有利于深入挖掘與癌癥及復(fù)雜疾病相關(guān)的遺傳變異。

   DNA甲基化對(duì)生命活動(dòng)非常重要，是基因調(diào)控的手段之一（即通過對(duì)位于啟動(dòng)子及第一外顯子區(qū)的CpG島的甲基化而抑制基因的表達(dá)），是表觀遺傳學(xué)研究的熱點(diǎn)。DNA甲基化是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNA methyl-transferase, Dnmt）催化，以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）作為甲基供體，DNA上的胞嘧啶被選擇性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶。 通常，DNA的甲基化會(huì)抑制基因表達(dá)。DNA的甲基化狀態(tài)對(duì)染色體的結(jié)構(gòu)維持、X染色體失活、基因印記以及胚胎發(fā)育、正常細(xì)胞功能維持，乃至疾病、癌癥發(fā)生都是十分重要的。現(xiàn)在甲基化測(cè)序有三種：

   組甲基化測(cè)序（Whole Genome BS-Seq， WGBS）是將重亞硫酸鹽（Bisulfite）處理方法和Illumina高通量測(cè)序平臺(tái)Hiseq X Ten相結(jié)合，對(duì)有參考基因組信息的物種進(jìn)行全基因組范圍內(nèi)的甲基化水平的測(cè)序。可以精確到單堿基分辨率，精確分析每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)，從而構(gòu)建全基因組甲基化圖譜。全基因組重亞測(cè)序達(dá)到全基因組覆蓋, 是研究甲基化水平的“金標(biāo)準(zhǔn)”。

   觀亞硫酸氫鹽測(cè)序技術(shù)（Reduced Representation Bisulfite Sequencing， RRBS)先用MspI酶切處理，該酶的酶切位點(diǎn)為CCGG，從而將CpG位點(diǎn)富集出來，之后再進(jìn)行bisulfite處理實(shí)現(xiàn)C與mC的單堿基區(qū)分，最終用較小的數(shù)據(jù)量得到包含最多CpG位點(diǎn)甲基化信息的單堿基精度的甲基化圖譜。RRBS由于經(jīng)過了Bisulfite 處理，憑借著其單堿基分辨率，能夠精確評(píng)估覆蓋區(qū)域的甲基化水平。再加上酶切打斷的原理，該方法的覆蓋范圍具有良好的重復(fù)性和穩(wěn)定性；并且能通過酶切位點(diǎn)過濾部分降解片段對(duì)結(jié)果的影響。但是RRBS 的覆蓋范圍被酶切位點(diǎn)所限制，只能覆蓋基因組的部分區(qū)域，主要集中在promoter 和CpG island 等富含CpG 的區(qū)域。在疾病研究中，Promoter 的甲基化狀態(tài)與基因表達(dá)、性狀表型息息相關(guān)，RRBS 作為一種關(guān)注CpG-rich 區(qū)域的甲基化研究方法，能夠避免過多的數(shù)據(jù)浪費(fèi)，更有針對(duì)性的研究覆蓋區(qū)域的甲基化狀態(tài)，使得大樣本量單堿基分辨率的甲基化差異研究成為可能。

   合蛋白測(cè)序（Methylated DNA Binding Domain-Sequencing, MBD-Seq）是利用特異性結(jié)合高甲基化DNA的蛋白富集高甲基化的DNA，再用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)富集得到的DNA進(jìn)行測(cè)序的方法。從而檢測(cè)全基因組范圍內(nèi)的甲基化位點(diǎn)。該技術(shù)可以特異性的對(duì)基因組內(nèi)發(fā)生甲基化修飾的區(qū)域進(jìn)行檢測(cè)，適用于遺傳印記、胚胎發(fā)育、腫瘤發(fā)生發(fā)展等研究。

服務(wù)相關(guān)-樣品要求：

生物信息學(xué)分析內(nèi)容

1. 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估及過濾
2. 基因組比對(duì)分析，基因組覆蓋度分析
3. 基因組甲基化圖譜分析
4. 全基因組 mC附近堿基的序列特征分析
5. 基因甲基化分析及功能注釋
6. 差異性甲基化區(qū)分析（DMR）
7. 差異 基因GO分析和Pathway富集分析

公司簡(jiǎn)介：

    世和基因是癌癥個(gè)體化醫(yī)療診斷及高通量測(cè)序行業(yè)的先行者與領(lǐng)航者，2008年末一批在生物醫(yī)藥領(lǐng)域有突出貢獻(xiàn)的北美華人科學(xué)家開始致力于高通量全景癌癥基因測(cè)序的研究。世和基因生物技術(shù)團(tuán)隊(duì)由多名多倫多大學(xué)，哈佛大學(xué)，斯坦福大學(xué)，新加坡國(guó)立大學(xué)，北京大學(xué)及NIH博士和專家組成，專注于高通量測(cè)序、癌癥生物學(xué)、生物信息學(xué)領(lǐng)域并擁有豐富的分子遺傳研究及臨床轉(zhuǎn)化經(jīng)驗(yàn)。 世和基因依托雄厚的技術(shù)實(shí)力與世界頂級(jí)綜合性醫(yī)院、大學(xué)、研究所攜手生命科學(xué)領(lǐng)域研究，共同推進(jìn)基礎(chǔ)研究向臨床成果轉(zhuǎn)化。同時(shí)，世和基因科研團(tuán)隊(duì)在科研立項(xiàng)、投稿、溝通、修改上處于國(guó)際領(lǐng)先水平，至今已發(fā)表高影響因子文獻(xiàn)（20分以上）近10篇，并擁有數(shù)項(xiàng)核心專利。

世和優(yōu)勢(shì)：

1. 嚴(yán)格的質(zhì)量把控

世和基因的測(cè)序流程在符合國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)的臨床實(shí)驗(yàn)室開展，執(zhí)行最嚴(yán)格的質(zhì)量監(jiān)控，完善的實(shí)驗(yàn)流程管理，智能化LIMS報(bào)告系統(tǒng)。

2. 高穩(wěn)定的數(shù)據(jù)輸出

使用illumina原廠進(jìn)口測(cè)序試劑，配備了高通量測(cè)序所需的全套分子生物學(xué)設(shè)備。世和基因在堿基準(zhǔn)確度、測(cè)序均一性、可用數(shù)據(jù)比例等方面的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)均全球遙遙領(lǐng)先。我們不僅承諾lane/flow cell/run 的總數(shù)據(jù)量，還承諾測(cè)序數(shù)據(jù)的Q30。

 3. 多樣化的測(cè)序平臺(tái)

世和基因擁有HiSeq X， HiSeq 4000, MiSeq, NextSeq 500等測(cè)序儀，多種測(cè)序平臺(tái)保證了項(xiàng)目的快速進(jìn)行及靈活性。

4. 強(qiáng)大的技術(shù)支持與生物信息分析團(tuán)隊(duì)

豐富的基因組項(xiàng)目及處理不同樣品的經(jīng)驗(yàn)，技術(shù)支持由國(guó)際名校的博士團(tuán)隊(duì)承擔(dān)，強(qiáng)大的生物信息團(tuán)隊(duì)可針對(duì)不同項(xiàng)目進(jìn)行深入分析與數(shù)據(jù)挖掘，保證提供最優(yōu)最新最全的解決方案。

5. 價(jià)格優(yōu)勢(shì)及短周期

世和基因致力于不斷降低顧客的測(cè)序成本，縮短測(cè)序周期。我們承諾提供優(yōu)于同行的測(cè)序價(jià)格和測(cè)序周期。

世和基因中國(guó)總部

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