全基因組重測序

全基因組重測序可以輔助研究者發(fā)現(xiàn)單核苷酸多態(tài)性位點（SNPs）、拷貝數(shù)變異（Copy Number Variation, CNV）、插入（Insertion）、缺失（Deletion）等變異類型，以最廉價的方式將單個參考基因組信息擴增為生物群體的遺傳特征。可以尋找到大量基因差異，實現(xiàn)遺傳進化分析及重要性狀候選基因的預測。涉及臨床醫(yī)藥研究、群體遺傳學研究、關聯(lián)分析、進化分析等眾多應用領域。
    隨著測序成本的大幅度降低以及測序效率的數(shù)量級提升，全基因組重測序已經(jīng)成為研究人類疾病及動植物分子育種最為快速有效的方法之一。利用Hiseq 2000 平臺，將不同插入片段文庫和雙末端測序相結合，可以高效地挖掘基因序列差異和結構變異等信息，為客戶進行疾病研究、分子育種等提供準確依據(jù)。
    重測序的兩個條件：（1）該物種基因組序列已知；（2）所測序群體之間遺傳性差異不大（ >99% 相似度 ）。在已經(jīng)完成的全基因組測序及其基因功能注釋的基礎上，采用全基因組鳥槍法（WGS）對DNA 插入片段進行雙末端測序。

全基因組重測序實驗流程：樣品檢測--樣品制備--cluster 制備--上機--基本數(shù)據(jù)處理--生物信息分析

全基因組重測序生物信息學分析內(nèi)容：
1) 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
2) 基因組單堿基深度分布及覆蓋度分析
3) 一致序列組裝
4) SNP檢測及其在基因組的分布
5) 結構變異檢測及其在基因組的分布

全基因組重測序樣品要求：
客戶提供待測基因組樣本。
1. 樣品總量：每次樣品制備需要大于5ug 的樣品。為保證實驗質量及延續(xù)性，請一次性提供至少20ug的樣品。如需多次制備樣品，按照制備次數(shù)計算樣品總量。
2. 樣品純度：OD值260/280應在1.8～2.0 之間；無蛋白質、RNA或肉眼可見雜質污染。
3. 樣品濃度：不低于50 ng/μL。
4. 樣品質量：基因組完整、無降解，電泳結果基因組DNA主帶應在λ‐Hind III digest最大條帶23 Kb以上且主帶清晰，無彌散。
5. 樣品保存：限選擇干粉、酒精、TE buffer或超純水一種，請在樣品信息單中注明。
6. 樣品運輸：樣品請置于1.5 ml管中，做好標記，使用封口膜封好，并同《樣品信息單》一起放到塑料樣品袋中封口�；�因組DNA如果用乙醇沉淀，可以常溫運輸；否則建議使用干冰或冰袋運輸，并選擇較快的運輸方式。

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