DNA甲基化測序

DNA甲基化是表觀遺傳學（Epigenetics）的重要組成部分，在維持正常細胞功能、遺傳記、胚胎發(fā)育以及人類腫瘤發(fā)生等方面起著重要的作用。MeDIP-seq是研究甲基化DNA一個非常有效的方法，能富集基因組上所有甲基化C進行測序分析。包括啟動子區(qū)、內(nèi)含子、外顯子、基因間，甚至是一些重復序列，并能分析這些區(qū)域各自的甲基化程度。

DNA甲基化測序實驗流程：樣品檢測--樣品制備--cluster制備--上機--基本數(shù)據(jù)處理--生物信息分析。

DNA甲基化測序生物信息分析：
1) 原始數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計；
2) MeDIP-Seq產(chǎn)出序列與基因組比對；
3) 基因組上檢測到的Peak統(tǒng)計（峰數(shù)目，峰分布，峰寬度等）；
4) 特定區(qū)域Genome Browser可視化信息；
5) 每個樣本的unique mappable reads 的分布情況（在重復區(qū)域、基因區(qū)、基因間區(qū)的分布覆蓋）；
6) 提供與樣本Peak相關的基因列表；
7) Peaks相關基因Gene Ontology功能分類；
8) 多個樣本間Peaks相關基因差異統(tǒng)計分析；

DNA甲基化測序樣品要求：
1. 要求打斷后DNA長度在100-500bp 范圍內(nèi)，主峰在200-300bp，最佳長度在250bp 左右，請?zhí)峁┫鄳�的檢測膠圖。
2. 樣品純度：260/280值應在1.8～2.0之間，沒有蛋白、多糖和RNA污染；
3. 樣品濃度：樣品的濃度不低于 50ng/μl；
4. 樣品完整性：DNA樣品沒有降解；
5. 樣品需求量：文庫制備起始量為5μg，多次制備樣品總量=樣品制備次數(shù)*5μg；但是，送樣量需>10μg，以防止運輸途中樣品損耗與其他不可預測的損失；
6. 對于非人來源的其它物種DNA，至少需提供兩對驗證引物（分別用于檢驗甲基化及非甲基化DNA片段的富集效果）。
7. 如果條件限制只能提供一對引物或不能提供引物，我們可以用內(nèi)參對MeDIP產(chǎn)物進行檢測，但無法直接對客戶的樣品進行精確的QC檢測，因此需要客戶自行確認是否繼續(xù)建庫。
8. 樣品保存：選擇酒精、TE buffer或超純水一種，請在樣品信息單中注明。
9. 樣品運輸：為防止運輸過程中樣品粘到管壁上造成損失，請將樣品置于不黏管中（如 Eppendorf LoBind Tube 或 Ambion Non-stick Tube）,使用封口膜封好。建議使用干冰運輸，并選用較快的寄送方式。

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