轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程：樣品檢測(cè)--樣品制備--cluster制備--上機(jī)--基本數(shù)據(jù)處理--生物信息分析

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫制備流程圖

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序生物信息學(xué)分析內(nèi)容
  1) 原始數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)；
  2) 與參考基因、基因組比對(duì)（需提供參考基因組或基因序列信息）；
  3) 序列組裝；
  4) 基因覆蓋度、測(cè)序深度統(tǒng)計(jì)（需提供參考基因組或基因序列）；
  5) Unigene長度分布統(tǒng)計(jì)；
  6) Unigene功能注釋分析；
  7) Unigene的GO（Gene Ontology）分類；
  8) Unigene表達(dá)差異統(tǒng)計(jì)(兩個(gè)或兩個(gè)以上樣品)；
  9) 在不同樣本間的差異Unigene做GO（Gene Ontology）分類； 
 10) 蛋白功能及分類預(yù)測(cè)；
 11) Unigene代謝通路分析；
 12) 新基因預(yù)測(cè)（需提供參考數(shù)據(jù)庫信息）；
 13) 可變剪切分析（需提供參考數(shù)據(jù)庫序列）。
 

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序樣品要求
 1. 樣品質(zhì)量要求：經(jīng)過DNA酶處理，OD260/280為1.8-2.2，完整性良好，如使用Agilent Bioanalyzer儀器檢測(cè)，則獲得的總RNA應(yīng) 28S:18S≥1，RIN≥8。
 a) 轉(zhuǎn)錄組樣品：濃度≥400ng/μl、總量≥20 μg;
 b) 建議在條件允許情況下，提供可供兩次樣品制備的量，以確保實(shí)驗(yàn)質(zhì)量及延續(xù)性
 2. 樣品保存：選擇Trizol、DEPC水一種，請(qǐng)?jiān)跇悠沸畔�單中注明�?nbsp;
 3. 樣品運(yùn)輸：樣品請(qǐng)置于1.5 ml管中，使用封口膜封好。使用足量的干冰運(yùn)輸，并選用較快的運(yùn)輸方式，以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。

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