4D蛋白組學(xué)原始數(shù)據(jù)上傳可能遇到的問(wèn)題及解決方案

ProteomeXchange（簡(jiǎn)稱(chēng)PX），是目前廣泛應(yīng)用的蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜數(shù)據(jù)存儲(chǔ)平臺(tái)，其旗下包括了PRIDE、MassIVE、PeptideAtlas、JPOST等質(zhì)譜數(shù)據(jù)存儲(chǔ)平臺(tái)，按照視頻中的步驟您可以將蛋白原始數(shù)據(jù)上傳到PX上。（點(diǎn)擊閱讀文字版-4D蛋白質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)上傳指南）

網(wǎng)址：http://www.proteomexchange.org

在上傳數(shù)據(jù)過(guò)程中會(huì)遇到一些問(wèn)題，在此陳列出來(lái)，希望對(duì)您有所幫助：
 

Q1：上傳質(zhì)譜下機(jī)原始數(shù)據(jù)（RAW文件）時(shí)，需要把RAW文件壓縮為zip格式嗎？還是可以直接把RAW文件添加上去？

A：此處建議老師們先把每一個(gè)樣本的原始數(shù)據(jù)壓縮，之后把所有樣本壓縮包再次壓縮到一個(gè)文件夾里面進(jìn)行上傳。

Q2：我們安裝完上傳工具，直接雙擊打開(kāi)顯示如下問(wèn)題，該如何解決？

A：點(diǎn)擊確定之后雖可以正常打開(kāi)軟件并且登錄，但是避免在后續(xù)上傳數(shù)據(jù)時(shí)出現(xiàn)問(wèn)題或報(bào)錯(cuò)，建議老師們使用如下方法打開(kāi)軟件：在電腦搜索框中（ ）搜索cmd，點(diǎn)擊以管理員身份運(yùn)行，打開(kāi)命令提示符輸入cd→空格→軟件所在路徑→回車(chē)→java -jar px-submission-tool-2.6.0.jar→回車(chē) 即可打開(kāi)軟件。

Q3：在Step 3添加文件之后出現(xiàn)了問(wèn)題是什么原因？

A：添加的文件名稱(chēng)必須是全英文的，有中文字系統(tǒng)無(wú)法識(shí)別。

Q4：在Step 5關(guān)聯(lián)文件時(shí)點(diǎn)擊Relation后，文件會(huì)自動(dòng)出現(xiàn)在下面欄里，可以不用點(diǎn)擊Add添加了么？

A：不可以，點(diǎn)擊Relation后勾選文件，之后必須點(diǎn)擊Add添加。

Q5：在最后點(diǎn)擊Submit后出現(xiàn)如下框，點(diǎn)擊確定之后軟件直接關(guān)閉了如何解決？

A：顯示是用Aspera上傳有問(wèn)題，此時(shí)我們要換成使用FTP上傳，按照提示在我們安裝的上傳工具px-submission-tool文件夾中找到config或者config.properties文件夾，文件夾中文件用記事本打開(kāi)，將其中的px.upload.protocol改成ftp即可。

Q6：在數(shù)據(jù)上傳中顯示Failed file transfer（如下圖）是什么情況，如何處理？

A：顯示Failed file transfer是數(shù)據(jù)上傳斷掉了，只能重新傳，點(diǎn)擊Back返回到上一步，如果點(diǎn)擊Cancel是整個(gè)取消了，軟件會(huì)直接關(guān)掉，因此點(diǎn)擊Back就可以，之后再次點(diǎn)擊Submit后再次上傳數(shù)據(jù)。注：數(shù)據(jù)上傳過(guò)程中一定要避免網(wǎng)絡(luò)波動(dòng)，網(wǎng)絡(luò)波動(dòng)數(shù)據(jù)上傳就會(huì)斷掉，建議選擇晚上上傳或者去網(wǎng)咖上傳。
 

上傳原始數(shù)據(jù)過(guò)程漫長(zhǎng)，只要老師們耐心一步一步的按照要求上傳，最后一定可以上傳成功的！祝老師們上傳順利！