10×單細胞轉(zhuǎn)錄組常見Q&A(一)--實驗開展前最需要了解的幾大問題

Q1：如何規(guī)劃我的第一個單細胞實驗？

在早期規(guī)劃階段，您要考慮的因素很多，但樣本制備是一個重要的起點。您需要考慮的因素之一是處理的樣本類型。是組織、細胞懸液，還是全血？是否需要解離、富集或純化步驟？此外，您還要考慮每個實驗條件所需的樣本數(shù)量，以及是否需要生物學重復�？s小到單個樣本，您應當考慮每個樣本需要多少個細胞才能獲得所需的結(jié)果，這也將為后續(xù)的樣本富集、純化和質(zhì)控方法提供信息。

圖1 單細胞實驗流程

Q2：單細胞測序是否需要生物學重復？

由于存在遺傳和環(huán)境因素的影響，個體間會存在差異，因此實驗設計需要引入生物學重復消除該差異。近年來，單細胞測序文章對生物學重復的要求也越來越高，例如人的樣本，其異質(zhì)性很高，建議每組盡量保證5個樣本的生物學重復。而動物模型的樣本也盡量保證每組3個生物學重復。
 

Q3：每個樣本需要多少個細胞？

目前，對單細胞懸液需要先進行質(zhì)檢和計數(shù)，一般要求細胞數(shù)目≥5萬，細胞存活率≥ 80%，將檢測合格的細胞經(jīng)洗滌、重懸制備成合適的細胞濃度 700~1200 cells/ul，以備進行 10x Genomics Chromium™ X系統(tǒng)上機操作。

中科搭載10×Genomics最新的單細胞儀器平臺Chromium X有16個通道，每個通道最多可以捕獲2萬個單細胞。通常每個樣本捕獲6K-1w的細胞數(shù)目就可以基本滿足實驗分析需求。是否需要更大的細胞量，還是需要根據(jù)老師實驗目的來決定。

圖2 Chromium X芯片及細胞捕獲示意圖
 

Q4：單細胞測序為何要選擇10×Genomics？

在目前群雄逐鹿的單細胞市場中，為什么我們要選擇10×Genomic，原因如下：

A：10×Genomics單細胞技術(shù)助力科學家發(fā)表的文章數(shù)量遙遙領先。這也反映出廣大科研工作者對于10X平臺的認可度遠高于其他單細胞平臺以及10X單細胞結(jié)果的穩(wěn)定性、可靠性以及客觀性。

圖3 10×Genomics文章數(shù)量
 

B：更加全面的應用，滿足科研工作者單細胞多組學的需求。從單細胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合空間組學，單細胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合代謝組學以及單細胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合蛋白組學等多維度多角度闡述表型發(fā)生過程中的細胞和分子調(diào)控機制。
 

圖4 10×Genomics多組學產(chǎn)品圖
 

C：更高的通量，更低的成本。縱觀單細胞測序文章，測得的細胞量越來越多，10×推出的Chromium X可實現(xiàn)一次上機拿到上百萬個單細胞；而Fixed RNA試劑盒，可以將單細胞樣本進行固定，通過多批次混樣，降低單個樣本的成本。

圖5 10×Genomics優(yōu)勢圖
 

Q5：樣本類型不適合運輸怎么辦？

中科的單細胞實驗團隊可以為老師提供上門消化上機服務。無論時間，無論地點，僅需老師與我們提前預約，并確定老師能提供實驗所需儀器后，即可上門完成樣本的消化和上機實驗。