共價化合物的分子對接問答詳解三則

A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接?

B:薛定諤有，covalent docking。

A:有沒有用過，結(jié)果可有價值?

B:我有替實驗室?guī)熜肿鲞^一次，挺大的天然產(chǎn)物去對接，全塞進腔里了，感覺有點不對勁。需要你去定義反應(yīng)位點，以及化合物的反應(yīng)基團及類型，比如邁克爾加成。

殷賦科技:@A 你要針對少數(shù)化合物進行對接還是大批量對接?處理方式可以不同。少量的話，就可以重點研究每一個對接構(gòu)象，批量的話，就不好一個一個看了。

針對少量化合物，我就用Dock6來做非共價對接，然后再挑選合適的Pose，手動連接形成共價復(fù)合物。

A:通過分子對接的方法，能不能判斷與蛋白是否可以形成共價結(jié)合呢?

B:分子對接無法實現(xiàn)反應(yīng)過程，能否形成還是得參考文獻。

殷賦科技:共價結(jié)合的基礎(chǔ)是合適的構(gòu)象、反應(yīng)部位靠近，部分反應(yīng)需要水分子、金屬離子或輔酶的參與。按照這個前提條件去過濾，可以把很大一部分化合物排除掉。剩下的，做QM/MM或者直接上實驗吧。

盡管常規(guī)的分子對接無法實現(xiàn)反應(yīng)過程，但可以幫助我們pass掉不能形成共價結(jié)合的分子。

A:蛋白質(zhì)配體復(fù)合物下載后，怎么分析各種化學(xué)鍵?有哪些網(wǎng)站免費可以用?

B:化學(xué)鍵最好人工分析，主要通過原子之間的幾何關(guān)系和原子性質(zhì)去判斷，不同軟件之間定義鍵的標(biāo)準(zhǔn)都是有一些區(qū)別的。

C:簡單軟件MOE可以分析，pymol自身也有分析功能。具體在網(wǎng)上應(yīng)該是可以找到相關(guān)教程的，或者查文獻看看別人是如何做分析化學(xué)鍵的，但還是需要綜合自己判斷，確認(rèn)、分析、增補。

D:pdb官網(wǎng)，提供晶體的ligand interaction。具體見預(yù)覽圖下方的3D view>Ligand interaction，基本夠用�？梢哉{(diào)整角度，位置，查看/隱藏鍵的類型。

A:請教下，有沒有可以把兩段蛋白(pdb)直接脫水縮合拼在一起的軟件?

B:我之前用過一個笨方法，modeller多模板同源建模，把拼接的序列寫進fasta，指定兩個晶體結(jié)構(gòu)就能做出來，但是需要優(yōu)化，評分不是很好。

殷賦科技:如果脫水縮合的地方在空間上是緊挨著能夠成建的，直接手動改下pdb文件，把兩鏈改成一條鏈，或者用MOE合并鏈。

C:請問，怎么計算B-factor，用DS和薛定諤可以計算嗎?

D:B-factor可以直接從晶體結(jié)構(gòu)里面提取。