在線講座：轉(zhuǎn)錄組學(xué)與蛋白組學(xué)富集分析

Blast2GO介紹：

Blast2GO是一款面向生物學(xué)家的集成解決方案，用于基于基因本體詞匯表對DNA或蛋白質(zhì)序列進(jìn)行高通量和自動(dòng)功能注釋的軟件。Blast2GO通過精心設(shè)計(jì)的算法優(yōu)化同源序列的功能轉(zhuǎn)移，該算法考慮相似性、同源性擴(kuò)展、選擇的數(shù)據(jù)庫、GO層次結(jié)構(gòu)以及原始注釋的質(zhì)量。該工具包括用于注釋結(jié)果的可視化、管理和統(tǒng)計(jì)分析的眾多功能，包括基因集富集分析。該應(yīng)用程序支持InterPro、enzyme codes、KEGG途徑、GO有向無環(huán)圖（DAG）和GOSlim。Blast2GO因其多功能性、安裝簡便且使用友好而成為植物基因組學(xué)研究的合適工具。相信很多生物工程師對這個(gè)軟件十分熟悉。

Blast2GO應(yīng)用示意圖  (Conesa A, Götz S. Int J Plant Genomics. 2008;2008:619832.）

Blast2GO是BioBam開發(fā)的產(chǎn)品，適用于（但不限于）非模式物種且用戶友好，只需很少的生物信息學(xué)工作即可運(yùn)行。Blast2GO原先作為一個(gè)獨(dú)立的模塊，現(xiàn)在已經(jīng)并入到OmicsBox的功能分析模塊中。

Blast2GO在基因組學(xué)和蛋白組學(xué)中的應(yīng)用：

微陣列實(shí)驗(yàn)、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)研究、基因組/轉(zhuǎn)錄組分析或單核苷酸多態(tài)性 （SNP）觀察是獲得分子生物學(xué)新見解的有前途的方法。功能注釋是數(shù)據(jù)分析的關(guān)鍵步驟。由于高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展和全球低成本表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）測序項(xiàng)目的增多，出現(xiàn)了越來越多的新穎、未定性的序列數(shù)據(jù)，這就要求進(jìn)行快速、可靠的功能注釋，以促進(jìn)相關(guān)實(shí)驗(yàn)的生物學(xué)解釋。因此，標(biāo)準(zhǔn)化的功能注釋至關(guān)重要。基因本體（Gene Ontology，GO）是基因和蛋白質(zhì)序列最廣泛的功能注釋模式，它已成為幾乎所有公共數(shù)據(jù)庫的事實(shí)標(biāo)準(zhǔn)。

1.利用帶有Blast2GO功能模塊進(jìn)行全基因組功能注釋，我們可以對基因組從頭測序的CDS序列進(jìn)行功能注釋。

1）通過BLAST進(jìn)行序列比對；

2）通過InterProScan進(jìn)行域搜索；

3）使用EggNOG-Mapper進(jìn)行直系同源組搜索；

4）基因本體圖譜。

GO注釋條形圖

2.利用帶有Blast2GO功能模塊為差異表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行富集分析。

表格中組合途徑分析結(jié)果的部分視圖

Reactome和KEGG數(shù)據(jù)庫中每個(gè)類別發(fā)現(xiàn)和通路富集數(shù)量以及可視化

3.利用帶有Blast2GO功能模塊為蛋白進(jìn)行功能注釋與富集分析。

使用Blast2GO分析對從牛、綿羊、山羊和水牛的奶油中分離出的免疫系統(tǒng)相關(guān)蛋白質(zhì)進(jìn)行功能注釋和富集(Felice,Valeria D et al.Foods(Basel,Switzerland).Nov.2021)

講座主題：

轉(zhuǎn)錄組學(xué)&蛋白組學(xué)富集分析(OmicsBox功能分析)

講座時(shí)間：

3月28日（周四）16:00-17:00

主講嘉賓：

Stefan Götz，BioBam首席執(zhí)行官，畢業(yè)于瓦倫西亞理工大學(xué)并獲得生物信息學(xué)博士學(xué)位。2011年，Stefan創(chuàng)建了BioBam并任BioBam的首席執(zhí)行官。

軟件介紹：

OmicsBox由不同的模塊組成，每個(gè)模塊都有一組特定的工具和功能，旨在執(zhí)行不同類型的分析，例如從頭基因組組裝、遺傳變異分析、差異表達(dá)分析和微生物組數(shù)據(jù)的分類學(xué)分類，包括功能解釋和豐富的結(jié)果可視化。功能分析模塊包括流行的Blast2GO注釋方法，使OmicsBox特別適合非模式生物研究。已有15000+的科學(xué)研究引用，適用于任何裝有Windows、Linux或Mac的標(biāo)準(zhǔn)PC或筆記本電腦。

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