2011羅氏診斷454二代測序平臺技術(shù)研討會在京滬舉行

 

羅氏診斷應(yīng)用科學(xué)部于9月19日及21日分別在上海和北京舉辦“2011羅氏診斷454二代測序技術(shù)新進研討會”。本次研討會邀請來自高等院校、醫(yī)院、科研院的近100位新老客戶參加，在此次會議上羅氏診斷應(yīng)用科學(xué)部隆重推出了454二代測序技術(shù)家族中最新升級的GS FLX+ 測序儀，并邀請國內(nèi)外專家就454系統(tǒng)的特長優(yōu)勢及應(yīng)用領(lǐng)域進行介紹及經(jīng)驗分享。

 

 

在會議上，羅氏診斷全球產(chǎn)品經(jīng)理Xuemin Liu博士、杜克大學(xué)神經(jīng)生物學(xué)Erich Jarvis教授、德國IMGM Laboratories項目經(jīng)理Stefan Kotschote先生、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)藥用植物研究所 孫超教授及李瀅老師及上海眾信生物技術(shù)有限公司何有�？偨�(jīng)理相繼對產(chǎn)品特長及相關(guān)應(yīng)用進行了深入細致的介紹，并分享了應(yīng)用454系統(tǒng)開展的項目案例以及實踐經(jīng)驗。與會者頗為關(guān)注，并在互動環(huán)節(jié)上提問積極，表現(xiàn)了對新產(chǎn)品相當(dāng)?shù)年P(guān)注度。

 

GS FLX+系統(tǒng)是羅氏診斷應(yīng)用科學(xué)部在今年下半年推出的基于原有GS FLX系統(tǒng)升級的二代測序儀。 據(jù)Xuemin Liu博士介紹，GS FLX+系統(tǒng)既可以通過購買新儀器獲得，也可以在原有GS FLX系統(tǒng)上進行設(shè)備升級獲得。升級后的設(shè)備具有：（1）超長讀長，單讀長可達1000bp，45%的測序讀長超過700bp ，85%的測序讀長超過500bp；（2）提高后通量，一次運行可獲得1,000,000條測序讀出，典型通量達700Mb總量；（3）準確率高，以15倍覆蓋的大腸桿菌基因組測序為例，準確度達99.997%；（4）快速，單次運行僅需23小時同時可以進行序列分析，升級后的運算處理設(shè)備（HP Z800）配合454分析軟件解讀生物信息；（5）廣泛應(yīng)用，超長度長優(yōu)勢在全新基因組拼接，復(fù)雜基因組研究，序列捕獲定向測序，擴增子測序，轉(zhuǎn)錄組全新拼接，宏基因組以及高度可變基因組區(qū)域有獨有優(yōu)勢。

 

 

Erich Jarvis教授多年來致力于鳥類發(fā)聲學(xué)習(xí)的研究，通過全基因組測序拼接的結(jié)果，獲得與之相關(guān)的基因，了解該性狀的發(fā)生過程并推測各個品種間進化關(guān)系。Erich Jarvis教授指出，454系列產(chǎn)品尤其最新的FLX+系統(tǒng)的長度長優(yōu)勢很好的完成了parrot基因組的拼接任務(wù)，通過與其他平臺的比較，長度長對于挺高了contig及scarfold的大小降低對于生物信息學(xué)數(shù)據(jù)處理的要求有非常明顯的優(yōu)勢。

 

 

Stefan Kotshote先生所在的IMGM實驗室多年以來為醫(yī)療診斷、藥物實驗室、科研院校以及生物企業(yè)提供測序等高通量平臺服務(wù)。此次Kotschote先生分享了使用454平臺的經(jīng)驗，介紹了各種序列捕獲技術(shù)與擴增子在定向測序中的應(yīng)用，介紹了454測序技術(shù)在Medical Sequencing領(lǐng)域的成功案例。他特別強調(diào)了生物信息技術(shù)對于二代測序結(jié)果利用程度的重要性，454測序質(zhì)量與長度對于獲得有用的序列信息進而得到相關(guān)生物意義非常有幫助。　　

 

報告題目：《 454高通量測序技術(shù)在藥用植物研究中的應(yīng)用》

 

植物基因組研究是目前我國基因組學(xué)研究的熱點之一，包括農(nóng)作物以及中醫(yī)藥用植物等，而由于其多倍體以及自雜交等特性又是測序拼接的難點。北京藥用植物研究所是國內(nèi)最早開始使用454平臺進行研究的實驗室之一，已經(jīng)摸索出了較為成熟的轉(zhuǎn)錄組研究實驗方案，利用454平臺長度和質(zhì)量特點，通過有限的運行次數(shù)就可以獲得高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄組拼接，發(fā)表了多篇過有國際影響力的相關(guān)文章。也表明了該平臺在植物基因組研究方面的優(yōu)勢。

 

 

何有裕先生是國內(nèi)知名技術(shù)服務(wù)公司眾信生物技術(shù)的首席科學(xué)家，該公司主業(yè)務(wù)以二代測序平臺為核心。何博士介紹對于實驗室建立二代實驗平臺經(jīng)驗，在儀器采購，人員配置，實驗室管理，實驗設(shè)計各個環(huán)節(jié)，實驗數(shù)據(jù)保存和分析給出了詳細中肯的建議意見，獲得了與會者的良好回應(yīng)。

 

 

羅氏454 測序平臺一直以來注重產(chǎn)品的持續(xù)性發(fā)展，不但通過推出GS Junior系統(tǒng)為小型試驗室及小型測序平臺帶來技術(shù)觸手可及的二代測序技術(shù)，而且同時關(guān)注經(jīng)典的大規(guī)模測序的GS FLX系統(tǒng)的發(fā)展，在保證測序質(zhì)量的基礎(chǔ)不斷延伸單個讀長長度，提高總通量，是二代測序領(lǐng)域中讀長長度與測序質(zhì)量完美結(jié)合的代表。

GS FLX+系統(tǒng)該系統(tǒng)通過改進設(shè)備硬件、實驗試劑以及軟件升級，使得單個讀長已經(jīng)可以達到1,000bp，到達傳統(tǒng)毛細管電泳的檢測長度，同時也具有可以與之媲美的測序質(zhì)量，期望在不久的將來能夠廣泛替代傳統(tǒng)測序系統(tǒng)。延伸后的讀長，同時保證了更大的測序通量，從而降低測序成本。應(yīng)用于基因組圖譜全新拼接及轉(zhuǎn)錄組測序可以得到更完整覆蓋，定向測定可以擴展到捕獲序列間隙的片段，宏基因組研究可以更準確的鑒定物種及分辨相似品系。

   

 

　　關(guān)于羅氏診斷：

 

　　羅氏總部位于瑞士巴塞爾，是全球在醫(yī)藥和診斷領(lǐng)域，致力于研究并處于領(lǐng)先地位之一的保健集團。羅氏的診斷部門提供了獨一無二的產(chǎn)品品種，為全世界的研究人員、醫(yī)師、病人、醫(yī)院和實驗室提供多樣化的創(chuàng)新測試產(chǎn)品及服務(wù)。羅氏診斷在全球有近19,000人員正致力于科研、發(fā)展、產(chǎn)品的市場運作和服務(wù)以及一體化的解決方案。

 

　　關(guān)于羅氏診斷應(yīng)用科學(xué)部：

 

　　羅氏的診斷部門在成功收購德國寶靈曼公司(Boehringer Mannheim GmbH.)后，成立了專業(yè)服務(wù)于科學(xué)研究領(lǐng)域用戶的羅氏應(yīng)用科學(xué)部(Roche Applied Science)，憑借半個多世紀在生命科學(xué)研究領(lǐng)域積累的經(jīng)驗，羅氏應(yīng)用科學(xué)部已成為在此領(lǐng)域中具領(lǐng)先地位的試劑及系統(tǒng)供應(yīng)商之一。